Disamping memacu prestasi akademik SMP Muhammadiyah 1 Mks juga memacu prestasi non akademik melalui kegiatan ektrakurikuler, antara lain pengajian siswa dari rumah ke rumah, TPA & Tahfizul Qur’an, Latihan Dasar Kepemimpinan (TC), Bakti Sosial, Kepramukaan, Karya Ilmiah Remaja, Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM), Tapak Suci, Sepak Bola/Futsal, Bulan Sabit Merah Remaja (BSMR), English Conversation, Arabic Conversation, Drum Band dan Vocal Grup.